Dans le musée, le thème de la Vallée du Lot ne se limitera pas aux aménagements de la rivière ou à la batellerie dans le Lot-et-Garonne, mais comprendra l'ensemble des caractéristiques de la vallée, depuis la source du Lot jusqu'au confluent avec la Garonne : les ressources de la vallée, la vie autour de la rivière, les hommes de la vallée, leur habitat, leurs modes de vie, leur histoire...
L'histoire de la vallée du Lot sera déclinée au sein de cinq grands espaces d'exposition permanente. Le dispositif retenu pour animer ces expositions consiste à raconter l'histoire de la vallée, de ses richesses et de ses habitants par le biais d'itinéraires, de voyages se déroulant à différentes époques :
1 - pour la Préhistoire et l'Antiquité, à la fin du Ier siècle
2 - pour le Moyen-Age, à la fin du XIIIe siècle
3 - pour l'époque moderne, à la fin du XVIIIe siècle, vers 1785
4 - pour le XIXe siècle, vers 1865
5 - de nos jours Pour chacun de ces voyages, une scénographie spécifique sera mise en ouvre.
